Годината 1963 секогаш ќе остане во сеќавањето на скопјани заради катастрофалниот земјотрес што му се случи на градот. Во истиот земјотрес настрада и старата катедрала која што се наоѓаше во центарот на градот. На нејзиното место денеска е изградена „Спомен куќата на Мајка Тереза". Во тоа време катедралата беше единствената католичка црква во Скопје. Во тој контекст, католичката заедница на градот Скопје освен што во земјотресот беше материјално оштетена, таа уште повеќе беше духовно оштетена затоа што католичката заедница остана без достоен литургиски простор. Тогашниот бискуп монс. Јоаким Хербут веднаш по земјотресот го започна процесот на изработка на проектот за новата катедрала. Во меѓувреме, на Битпазар се поставуваат три бараки: една која служи како црква, втората како сали за веронаука и третата како парохиски дом. Бараките требало да послужат само како привремено решение. Но, затоа што изградбата на катедралата се одолжила, сите црковни активности се одвивале на оваа локација сè до 1982 година.
Проектот за новата катедрала е изработен од два архитекти: Славко Ѓуриќ и Благоја Мицевски, а изградбата на катедралата започнала во 1975 године и траела 7 години, до 1982. Бискуписки водител на изградбата бил монс. Антун Циримотиќ.
Главната идеја за надворешниот изглед на катедралата е старозаветната слика на шатор во кој живее Јахве. Катедралата е изградена во модернистички стил.
Гледајќи ја катедралата однадвор, највпечатлив дел е кровната конструкција која се сече вкрстено и на тој начин прави облик на латински крст, а потоа се спушта надолу и на тој начин ја покажува сликата на шаторот.
Централниот лустер над олтарот го изработиле чесните сестри на Светиот крст од Ѓаково, Хрватска. Главната идеја водилка во изработката била: Христос како светлина, центар и смисла на сѐ! Чесните сестри се обиделе оваа слика да ја претворат во стварност со три круга од кои горниот е најголем, долниот е најмал и воедно и најблиску до олтарот при што покажува дека Христос е присутен во лебот и виното на олтарот, центарот и смислата на нашиот живот.
Оргулите се механички, изработени во декември 2008 година и тие се првите и единствени оргули во Македонија. Изработени се во Бискуписката работилница во Марибор (Словенија) и ги имаат следните карактеристики: два мануала; 26-28 регистри; висина на цевките од 15см до 5м; а вкупна тежина е 6 тона.
Во катедралата се наоѓа статуата на Пресвето Срце Исусово, дело на тиролската школа. Ова статуа се наоѓаше во првата катедрала која настрадала во земјотресот во 1963 година и има значајна историја, бидејќи како девојче пред неа се молела света Мајка Тереза. По повод својата посета во Скопје како Мисионерка на љубовта по молитвата пред статуата кажала: „Тука сè започна“.
Централниот дел на катедралата Пресвето Срце Исусово, наосот е одвоен од трансептите со 12 алуминиумски врати во две групации од по 6, со исполна од 12 стаклени панели кои се дизајнирани со ликовите на 12-те апостоли. Панелите се рачно изработени во техника на фузирано (топено) стакло, секој од нив во природна големина. Trанспарентни но со колоритна позадина и нагласена текстура на сенки, со нивните индивидуални карактеристики и потенцирани симболи na овоземната мисија.
Tие се тука, духовно силно присутни во просторот, сведоци на секоја посета на катедралата, на секоја миса и голем празник кога портите на катедралата се отвораат за верниците. Горди сме што беа сведоци и на средбата на папата Франциск со верниците во Катедралата за време на неговата историска посета на Скопје на 7 Мај 2019 година. Апостолите се дело на студиото „Витрум“ (Art glass) од Скопје.
Есента 2018 год. Скопскиот бискуп и Струмичко - Скопски епарх монс. д-р Киро Стојанов ја обнови катедралата. Исто така, историски настан за нашата држава и за Црквата во Македонија беше апостолската посета на Светиот Отец папата Франциск на 7 мај 2019 година. По тој повод папата Франциск се сретна со Богопосветените личности во нашата катедрала, а во дворот на катедралата се одржа екуменската и меѓурелигиска средба со младите.
