Кога во вториот век од нашата ера е формирана надбискупија, се смета дека е формирана и парохија во тогашното Скупи, т.е. во денешното Скопје. Средиштето на Западната црква која во тоа време се наоѓало во Солун, било преместено во Скопје, во таканаречениот „мал Рим“. Со доаѓањето на Словените, кои биле пагани, биле урнати многу цркви, а подоцна кога Словените ќе ја прифатат христијанската вера овие цркви повторно ќе бидат изградени.

Во 1054 год. се случува расколот на христијанството, кога Црквата се поделила на Источна и на Западна црква. Во Скопје како и на целата територија на Македонија имало верници кои останале во единство со Рим, додека поголемиот дел биле поврзани со Византија, односно со Цариград.

Црквата се наоѓала во посебна ситуација кога Османлиите ги освоиле овие краишта. Нивниот однос кон католичките и православните верници не бил ист. Османлиите сметале дека во западниот свет Папата бил тој кој бил главен организатор на борбата против Осмалниското царство. Токму затоа посебно ги прогонувале католиците почнувајќи од локалниот бискуп. Рушеле многу цркви, манастири, некои цркви ги пренаменувале во џамии, со што имало многу маченици бискупи, свештеници и верници лаици.

Конечно, надбискупот Пашк Трокши со помош на австриска католичка донација, успеал да изгради катедрала во Скопје која во 1902 год. била посветена на Пресветото Срце Исусово. Заедно со катедралата била изградена и бискупска резиденција како и простории потребни за пасторална работа во парохијата. Тогашната католичка црква се наоѓала во сегашниот центар на градот (на местото каде денес се наоѓа Спомен куќата на Мајка Тереза), на денешната улица „Македонија“, која во тоа време била наречена „Широк сокак“. Кога султанот доаѓал во посета на Скопје, бил дочекуван токму пред катедралата. 

Бискупската резиденција за време на Втората светска војна била урната, додека катедралата била оштетена во катастрофалниот земјотрес 1963 год. По повод санирањето на урнатите објекти во Скопје за кои се одлучувало комисиски, првата комисија донела одлука дека катедралата може да се возобнови, додека втората комисија, од политички причини, донела одлука дека катедралата треба да се урне. Потоа, бискупскиот ординаријат барал простор за катедралата, и го добил меѓу улицата Митрополит Теодосиј Гологанов и улицата Петар Поп Арсов. Така, во 1982 год. била изградена нова катедрала, додека пасторалниот центар бил завршен во 1983 год. Во пасторалниот центар била сместена бискупската семинарија и класичната гимназија за свештенички кандидати.

Во скопската населба Бит-пазар, постоело сиропиталиште за деца без родители и за сиромашни луѓе. Сиропиталиштето го водеа чесните сестри на св. Винко Паулски – Ќерки на христијанската љубов (Усмиљенки). Во рамките на сиропиталиштето се наоѓала и капела посветена на св. Јосиф (која е во функција и денес), како и куќа за чесните сестри. За време на земјотресот во 1963 год. била срушена капелата и сиропиталиштето, кои подоцна со помош на хуманитарна организација од Виена повторно ќе бидат изградени и тоа во форма на монтажни бараки од кои едната служела како капела, а во другите бараки живееле свештеници и чесни сестри.

Во рамките на Скопската парохија спаѓаат градовите Велес, Тетово и Гостивар.