Viti 1963 do të mbetet përgjithmonë në kujtesën e shkupjanëve për shkak të tërmetit katastrofik që e goditi qytetin. Në po atë tërmet u dëmtua edhe katedralja e vjetër, që ndodhej në qendër të qytetit. Në vendin e saj sot është ndërtuar „Shtëpia Përkujtimore e Nënë Terezës“. Në atë kohë katedralja ishte kisha e vetme katolike në Shkup. Në këtë kontekst, bashkësia katolike e qytetit të Shkupit, përveçse u dëmtua materialisht nga tërmeti, u dëmtua edhe më shumë shpirtërisht, sepse mbeti pa një hapësirë liturgjike të denjë. Ipeshkvi i atëhershëm, imzot Joakim Herbut, menjëherë pas tërmetit e nisi procesin e hartimit të projektit për katedralen e re. Ndërkohë, në Bit Pazar u vendosën tri baraka: njëra shërbente si kishë, e dyta si salla për mësimin e fesë dhe e treta si shtëpi famullitare. Barakat duhej të shërbenin vetëm si zgjidhje e përkohshme. Por, meqë ndërtimi i katedrales u zgjat, të gjitha veprimtaritë kishtare u zhvilluan në këtë vend deri në vitin 1982.
Projekti për katedralen e re u hartua nga dy arkitektë: Slavko Đurić dhe Blagoja Micevski, kurse ndërtimi i katedrales filloi në vitin 1975 dhe zgjati 7 vjet, deri në vitin 1982. Udhëheqës ipeshkvnor i ndërtimit ishte imzot Antun Ćirimotić.
Ideja kryesore për pamjen e jashtme të katedrales është shëmbëlltyra e Besëlidhjes së Vjetër: tenda në të cilën banon Jahveu. Katedralja është ndërtuar në stil modernist.
Kur shihet nga jashtë, pjesa më mbresëlënëse e katedrales është konstruksioni i çatisë, i cili pritet kryq e tërthor dhe kështu formon trajtën e kryqit latin, e pastaj lëshohet poshtë dhe në këtë mënyrë e jep shëmbëlltyrën e tendës.
Llambadarin qendror mbi altar e punuan motrat rregulltare të Kryqit të Shenjtë nga Đakovo, Kroaci. Ideja kryesore udhëheqëse në punimin e tij ishte: Krishti si dritë, qendër dhe kuptim i gjithçkaje! Motrat u përpoqën ta shndërrojnë këtë shëmbëlltyrë në realitet me tri rrathë, prej të cilëve i sipërmi është më i madhi, kurse i poshtmi më i vogli dhe njëkohësisht më afër altarit, duke treguar kështu se Krishti është i pranishëm në bukën dhe në verën e altarit, qendra dhe kuptimi i jetës sonë.
Organoja është mekanike, e punuar në dhjetor të vitit 2008, dhe është e para dhe e vetmja organo në Maqedoni. Është punuar në punishten ipeshkvnore në Maribor (Slloveni) dhe ka këto karakteristika: dy manuale; 26-28 regjistra; lartësi të gypave nga 15 cm deri në 5 m; kurse pesha e përgjithshme është 6 tonë.
Në katedrale gjendet statuja e Zemrës së Shenjtë të Jezusit, vepër e shkollës tiroleze. Kjo statujë ndodhej në katedralen e parë, e cila u dëmtua nga tërmeti i vitit 1963, dhe ka një histori të rëndësishme, sepse para saj lutej si vajzë e vogël shën Nënë Tereza. Me rastin e vizitës së saj në Shkup si Misionare e Bamirësisë, pas lutjes para statujës tha: „Këtu nisi gjithçka“.
Pjesa qendrore e katedrales së Zemrës së Shenjtë të Jezusit, nefi, është e ndarë nga transeptet me 12 dyer alumini në dy grupe nga 6, të mbushura me 12 panele qelqi që janë dizajnuar me figurat e 12 apostujve. Panelet janë punuar me dorë në teknikën e qelqit të shkrirë, secili prej tyre në madhësi natyrale. Transparente, por me sfond plot ngjyra dhe me teksturë të theksuar hijesh, me tiparet e tyre individuale dhe me simbolet e theksuara të misionit të tyre në këtë botë.
Ata janë këtu, fuqishëm të pranishëm shpirtërisht në hapësirë, dëshmitarë të çdo vizite në katedrale, të çdo meshe e feste të madhe, kur portat e katedrales hapen për besimtarët. Jemi krenarë që ishin dëshmitarë edhe të takimit të papës Françesku me besimtarët në katedrale gjatë vizitës së tij historike në Shkup, më 7 maj 2019. Apostujt janë vepër e studios „Vitrum“ (Art glass) nga Shkupi.
Në vjeshtën e vitit 2018 ipeshkvi i Shkupit dhe eparku i Strumicës e i Shkupit, imzot dr. Kiro Stojanov, e rinovoi katedralen. Po ashtu, ngjarje historike për vendin tonë dhe për Kishën në Maqedoni ishte vizita apostolike e Atit të Shenjtë, papës Françesku, më 7 maj 2019. Me atë rast papa Françesku u takua me personat e kushtuar Hyjit në katedralen tonë, kurse në oborrin e katedrales u mbajt takimi ekumenik e ndërfetar me të rinjtë.
