Kur në shekullin e dytë të erës sonë u formua kryeipeshkvia, mendohet se u formua edhe famullia në Skupin e atëhershëm, pra në Shkupin e sotëm. Qendra e Kishës Perëndimore, e cila në atë kohë ndodhej në Selanik, u zhvendos në Shkup, në të ashtuquajturën „Roma e vogël“. Me ardhjen e sllavëve, që ishin paganë, u rrënuan shumë kisha, kurse më vonë, kur sllavët e pranuan fenë e krishterë, këto kisha u rindërtuan përsëri.
Në vitin 1054 ndodh përçarja e krishterimit, kur Kisha u nda në Kishë Lindore dhe Kishë Perëndimore. Në Shkup, si edhe në tërë territorin e Maqedonisë, kishte besimtarë që mbetën në bashkim me Romën, ndërsa pjesa më e madhe ishin të lidhur me Bizantin, përkatësisht me Kostandinopojën.
Kisha u gjend në një pozitë të veçantë kur osmanlinjtë i pushtuan këto anë. Qëndrimi i tyre ndaj besimtarëve katolikë e atyre ortodoksë nuk ishte i njëjtë. Osmanlinjtë mendonin se në botën perëndimore Papa ishte organizatori kryesor i luftës kundër Perandorisë Osmane. Pikërisht për këtë i përndoqën në mënyrë të posaçme katolikët, duke nisur nga ipeshkvi vendës. Rrënuan shumë kisha e manastire, disa kisha i shndërruan në xhami, kështu që pati shumë dëshmorë ipeshkvij, priftërinj dhe besimtarë laikë.
Më në fund, kryeipeshkvi Pashk Trokshi, me ndihmën e një donacioni katolik austriak, arriti të ndërtojë në Shkup një katedrale, e cila në vitin 1902 iu kushtua Zemrës së Shenjtë të Jezusit. Bashkë me katedralen u ndërtua edhe rezidenca ipeshkvnore, si dhe hapësirat e nevojshme për punën baritore në famulli. Kisha katolike e asaj kohe ndodhej në qendrën e sotme të qytetit (në vendin ku sot gjendet Shtëpia Përkujtimore e Nënë Terezës), në rrugën e sotme „Maqedonia“, e cila atëherë quhej „Shirok Sokak“. Kur sulltani vinte për vizitë në Shkup, pritej pikërisht para katedrales.
Rezidenca ipeshkvnore u rrënua gjatë Luftës së Dytë Botërore, ndërsa katedralja u dëmtua në tërmetin katastrofik të vitit 1963. Me rastin e sanimit të objekteve të rrënuara në Shkup, për të cilat vendosej me komisione, komisioni i parë vendosi se katedralja mund të rinovohej, kurse komisioni i dytë, për arsye politike, vendosi se katedralja duhej rrënuar. Më pas, ordinariati ipeshkvnor kërkoi një hapësirë për katedralen dhe e mori atë mes rrugës Mitropolit Teodosij Gologanov dhe rrugës Petar Pop Arsov. Kështu, në vitin 1982 u ndërtua katedralja e re, ndërsa qendra baritore përfundoi në vitin 1983. Në qendrën baritore u vendos seminari ipeshkvnor dhe gjimnazi klasik për kandidatët për priftëri.
Në lagjen shkupjane Bit Pazar ekzistonte një jetimore për fëmijët pa prindër dhe për njerëzit e varfër. Jetimoren e drejtonin motrat rregulltare të shën Vinçenc Palit — Bija të Dashurisë së Krishterë (Usmiljenke). Brenda jetimores ndodhej edhe një kapelë kushtuar shën Jozefit (e cila është në funksion edhe sot), si dhe një shtëpi për motrat. Gjatë tërmetit të vitit 1963 u shembën kapela dhe jetimorja, të cilat më vonë, me ndihmën e një organizate humanitare nga Vjena, do të rindërtoheshin në formë barakash të montueshme: njëra prej tyre shërbente si kapelë, kurse në barakat e tjera jetonin priftërinjtë dhe motrat rregulltare.
Në kuadër të famullisë së Shkupit bëjnë pjesë qytetet Veles, Tetovë dhe Gostivar.